El CIC de Salamanca desarrolla una aplicación para analizar "con más detalle" alteraciones en células cancerosas

SALAMANCA 13 Oct. (EUROPA PRESS) -

El Centro de Investigación del Cáncer de Salamanca (CIC) ha desarrollado una nueva herramienta informática para analizar "con más detalle" las alteraciones genéticas del genoma de las células cancerosas.

Esta aplicación, denominada 'CyberAMP' y que ha incorporado "de acceso público y de forma libre", permite "establecer, por primera vez, correlaciones directas entre cambios en el número de copias de genes que tienen lugar en las células tumorales y los niveles de expresión de estos", ha informado el CIC a través de la Universidad de Salamanca (USAL), de la que depende junto al Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC).

De esta forma, tal y como ha explicado "se pueden identificar alteraciones genéticas que tienen un papel directo en el desarrollo del cáncer", pues "utilizando datos genómicos derivados de pacientes con un cáncer de cerebro conocido por glioblastoma, el uso de esta herramienta ha permitido descubrir nuevos genes potencialmente implicados en el desarrollo de este tumor".

Este desarrollo ha sido publicado en 'Biology', donde se recoge el trabajo desarrollado por el laboratorio dirigido por Xosé Bustelo del Centro de Investigación del Cáncer de Salamanca (CIC, instituto mixto de la Universidad de Salamanca y el CSIC), del Centro de Investigación Biomédica en Red de Cáncer y de la Conexión Cáncer del CSIC.

Tal y como ha explicado la USAL, la caracterización del genoma de los tumores principales ha permitido descubrir "miles de alteraciones genéticas asociadas", y ha detallado que "muchas" de estas alteraciones genéticas son "cambios puntuales" en el genoma que pueden dar lugar a la activación o inactivación de genes que favorecen o antagonizan el desarrollo del cáncer, respectivamente.

Sin embargo, "en muchos otros casos", estas alteraciones genéticas no implican modificaciones puntuales, sino cambios en el número de copias de trozos de diverso tamaño de los cromosomas, la estructura que alberga el AND dentro de las células.

SIGNIFICADO FUNCIONAL

El significado funcional de este segundo tipo de alteraciones genéticas, que pueden suponer la ganancia o pérdida de los genes implicados en estos cambios en los cromosomas, es "difícil de establecer", ha apostillado.

"En principio, se supone que un gen que haya aumentado su número de copias podría ayudar al desarrollo del cáncer. Alternativamente, aquellos genes que hayan sido eliminados podrían estar relacionados con funciones supresoras del desarrollo tumoral. Sin embargo, eso no es siempre así", ha explicado.

Como ejemplo, ha detallado que un gen sin función alguna en el desarrollo del cáncer puede aumentar su número de copias "simplemente porque está cerca de otro que sí juega acciones clave en el desarrollo del cáncer".

Otro problema que existe es que "muchas alteraciones genéticas no tienen valor real alguno, puesto que solo aquellas que determinan cambios en la expresión de los genes contenidos en dicha alteración cromosómica son las que pueden contribuir a cambios en el comportamiento celular. Y eso no es siempre así.", ha continuado.

Por ejemplo, existen casos en que la ganancia en el número de copias de genes "no se traduce en cambios en la expresión de dichos genes". Saber cuáles son los elementos clave en este proceso es "esencial" para desarrollar, posteriormente, nuevos diagnósticos y tratamientos específicamente dirigidos contra estos tumores, ha apostillado.

HERRAMIENTAS INFORMÁTICAS

Para "resolver este problema", ha detallado que "se necesitan nuevas herramientas informáticas que, utilizando la información genética disponible actualmente de múltiples tumores y pacientes, puedan dar información sobre la correlación que existe entre los cambios del número de copias de los genes y los niveles de expresión de estos en las células cancerosas".

También, ha continuado, "se necesita que estas herramientas den información sobre los genes contenidos en dichas alteraciones cromosómicas para identificar aquellos que tienen papeles importantes en el desarrollo o malignidad de tumores concretos".

NUEVO AVANCE

Tal y como ha apuntado Rubén Caloto, el autor principal de este trabajo, esta nueva herramienta, que es "de fácil utilización por cualquier usuario sin necesidad de tener grandes conocimientos de informática", da información sobre el grado de correlación entre el cambio del número de copias de genes y sus niveles de expresión.

Para ello, utiliza los datos genómicos disponibles para 33 tipos de tumores diferentes obtenidos tras el estudio de más de 11.000 pacientes. Además, permite saber el contexto genómico de estas alteraciones genéticas, lo que da una información "muy valiosa" para saber si estos genes alterados tienen funciones importantes en el desarrollo de estos tumores.

Es también "muy flexible", puesto que con ella se puede estudiar un gen concreto en un tumor concreto o, alternativamente, miles de genes en cualquier tumor o grupo de tumores que se quiera, ha añadido.

DEMOSTRACIÓN

Como demostración de la utilidad de la nueva herramienta bioinformática, el grupo de investigación utilizó el CiberAMP para analizar el posible significado funcional de alteraciones genéticas ligadas al cambio en el número de copias de genes en un tumor cerebral denominado glioblastoma.

El doctor Bustelo, director de este trabajo, ha apuntado: "el uso del CiberAMP nos permitió descubrir 74 genes que pueden tener un papel clave en el desarrollo de este tipo tumoral. 38 de estos genes ya se sabía que participaban en este u otros tumores, lo que es lógico dado el amplio número de estudios que se han realizado en cáncer en estas últimas décadas. Sin embargo, los restantes 36 genes identificados son nuevos, lo que hará que nos tengamos que centrar en su estudio en los próximos años".

"Lo interesante es que este tipo de estudios se puede hacer para cualquier otro tipo tumoral del que haya disponibles datos genómicos de un número significativo de pacientes, lo que hace que tenga un uso general por cualquier investigador u oncólogo", ha apuntado Lorenzo-Martín, segundo firmante del artículo.